1959年7月，经国务院批准，交通大学上海部分、西安部分分别独立建校，定名上海交通大学和西安交通大学。谢邦治任上海交通大学党委书记、校长，彭康任西安交通大学党委书记、校长。

谢邦治（1959年至1962年任上海交大党委书记兼校长，后任驻保加利亚等国大使、司法部副部长、中央纪委委员）

1961年2月6日，中共中央决定，上海交通大学、哈尔滨工业大学、北京工业学院、北京航空学院、南京航空学院、成都电讯工程学院和西北工业大学共7所高等院校划归国防科委直接领导，同时受教育部及当地党委领导。国防科委主管上海交大的任务、方向、规模、科研、基建、干部、保密；教育部主管教学业务，上海市委主管政治思想和日常事务。

国防科委和教育部进一步明确：上海交大的任务主要是为国防工业服务，以造船为中心，军用为主，过渡时期军民兼顾；学校规模定为在校学生8000人，设置28个专业。

1961年4月4日，负责国防科技工作的国务院副总理、中央军委副主席、国防科委主任聂荣臻元帅接见谢邦治、余仁、邓旭初、朱麟五等上海交大领导及教授代表，对上海交大的建设与发展提出了要求：

学校很大了，已经有一万多人了，规模不要太大，主要是提高质量问题。

以军用舰艇为主，还要军民兼顾……为国防服务在科学技术上要求高了，这样对交大提高会快一些。火箭和船舶联在一起为海军服务。

学校培养目标是为国防工业生产，为军用造船培养设计、研究工程师。海军自己有军事学校，加上交大培养工程技术人才，海军就完备了。

聂荣臻的一席话，点出了上海交大应如何为国防建设服务、教学科研主要抓什么等几个关键问题，为学校发展指明了方向。

聂荣臻元帅

国防科委、海军及有关部门遵循聂荣臻讲话精神，关心学校的发展，从政治上、业务上给予全面指导和大力支持。海军先后调拨一条退役潜水艇和一艘快艇给交大，停在黄浦江上，供教学实习及科学研究使用。还下拨一批仪器设备，给学校有关专业的实验室。

学校依据“以军用造船为主，兼顾民用，同时设置部分舰艇用导弹专业”的原则，积极主动适应社会主义国防建设的需求，决心把上海交大建设成一所为现代化国防事业服务的国防工业大学。

上海交大在专业学科和教学科研的发展方向上进行重大调整。调整后全校设船舶制造系、船舶动力机械系、工程物理系、无线电工程系、工程力学系、船舶电机工程系、冶金系、机械制造系、机车系9个系及所属32个专业，师生及教学设备也有相应的归属。贯彻国防科委有关规定，对原有的教学计划进行了修订，确定“培养又红又专、身体健康的国防科学研究和国防工业的高级技术人才”的培养目标。与此同时，还适当保留了一批民用专业，对于非国防工业的专业教师予以妥善安置。

1963年4月，国防科委副主任张爱萍（右三）来校视察科研工作

上海交大在国防科委的直接领导下，建立起教学、科研与国防工业的紧密联系，为学校在高精尖学科领域的发展打下了较好的基础，从培养高素质的国防工程技术干部和承担重大国防科研任务两方面，为新中国国防建设作出了贡献。据不完全统计，1961年至1970年，上海交大向国家输送本科毕业生11620名，其中分配至国防部门工作的有6162人，占毕业生总数的53%。

早在1956年中央“向科学进军”的号召下，学校积极承担国家及地方重点科研项目，也有重大科研成果的取得。1958年，在钱学森的直接指导下，上海筹建从事尖端科学技术研究的上海机电研究院。交大船舶动力系副主任王希季教授受命担任研究院总工程师，教师潘先觉任首枚探空火箭主任工程师，研究院还从交大应届毕业生中选拔了一批专业骨干参加研制。1960年2月19日，新中国自行设计、制造的第一枚探空火箭在上海南汇滨海地带成功发射。消息传开后，引起中央高度重视。毛泽东主席、中共中央军委副主席聂荣臻、北京市委书记兼市长彭真先后来上海参观。5月28日，毛泽东在参观并听取潘先觉汇报时，详细了解了火箭的设计研制经过、技术性能、各部组件名称及功用等，他问潘先觉“哪个大学毕业的？”“上海交通大学。”毛泽东说：“啊，交通大学！是不是那个学生会自己开火车到南京请愿的交通大学？”潘先觉点点头：“是的。”毛泽东紧接着问：“那你是学火车的，还是学火箭的？”“交通大学有火箭专业吗？”他风趣地说道：“你们能把这枚火箭自力更生发射成功，也就是火箭大学研究院毕业。” 

1960年5月28日，毛泽东在上海新技术展览会观看我国首枚探空火箭实体，听取主任工程师潘先觉（前排右二）的介绍

前一日，即1960年5月27日晚8时，毛泽东还观看了上海交大在上海市四新展览会上展出的气垫船模型。1960年初春，学校抽调部分教师和四年级学生100多人，集中进行设计并试制水上气垫船。5月初，JT号气垫船研制成功，被运到黄浦江上游进行水上试飞并获得成功。4吨多重的船体凌空浮起，悬浮高度4~5厘米，前进速度达40码。后根据上海市委、市科委指示，学校制作气垫船模型到上海科技馆展出，这就是毛泽东参观时看到的模型。毛泽东仔细询问了气垫船的性能等，并说：“你们的气垫船很好，但能不能飞得更高一些？”

1960年，工程力学系教师何友声主持研制成功我国第一艘气垫船

1961年至1965年期间，上海交大进一步确定科学研究在学校工作中的重要地位，积极开展科学研究工作。1963年承接国家十年规划任务、国家任务、地方任务、协作任务和自选课题37项，国防科委下达的任务26项，另外还有国防尖端任务、为国民经济服务和基础理论研究任务等课题，并与42个研究单位，51个工厂、企业建有密切的协作关系。1964年，承担国家十年规划任务和国家任务27项，国防科委下达的任务8项。

1962年4月30日，党中央正式任命谢邦治为中国驻保加利亚特命全权大使，免去其上海交大党委书记、校长之职。1963年9月，国务院总理周恩来签署任命，刘述周任上海交通大学校长。1964年7月，经上海市委同意，余仁任党委代理书记。

刘述周（1963年至1965年任上海交大校长，后任中央统战部副部长、中国科协党组副书记和副主席）

余仁（1964年至1966年任上海交大党委代理书记，后任华东化工学院党委书记）

来源：盛懿、孙萍、欧七斤：《三个世纪的跨越——从南洋公学到上海交通大学》，上海交通大学出版社2006年版。